Образовательная программа сочетает в себе глубокую теоретическую подготовку в области органической химии и химии элементоорганических соединений, освоение синтетических методов,  современных методов анализа и исследования химических соединений. В периоды практик и подготовки выпускных квалификационных работ осуществляется научно-исследовательская деятельность с использованием высокотехнологичного оборудования научно-образовательного центра «Нанотехнологии». По окончании магистратуры выпускники могут продолжить обучение в аспирантуре Южно-Уральского государственного университета, Уральского Федерального Университета, Института органического синтеза УрО РАН (г. Екатеринбург), Института органической химии РАН (г. Москва) и других научных центрах. Выпускники обладают компетенциями для выполнения профессиональной деятельности в области органического и элементоорганического синтеза, анализа химических соединений, изучении свойств веществ и материалов; могут работать в лабораториях экологического контроля, предприятиях пищевой промышленности, фармацевтической и медицинской химии, экспертных лабораториях